Резюмирую:
1) rel=nofollow не запрещает роботу переходить по ссылке (для работов Google, MSN и Yahoo)
2) rel=nofollow никак не запрещает индексировать указанные страницы
3) rel=nofollow запрещает передавать вес страницы на которой расположена ссылка с таким атрибутом